訓練コースでは効果的な技術移転を図るため、理論に加え、乗船実習による実体験も重視されています。 現在、訓練部局は、SEAFDEC2号、SEAFDEC号そしてプララン号の3隻の調査訓練船を所有しています。

2001年にバンコクでSEAFDEC-ASEANミレニアム会議が開催され、この会議では地域の漁業資源調査と漁業管理のための包括的な政策の策定と実施に対する要請が重要な議題となりました。この会議で採択された決議を受けて、日本政府に新船の供与を要請、2002年6月にその建造が承認されました。翌2003年秋に完成し同年12月の進水式を経て、翌年、訓練部局に引き渡されました。 SEAFDEC2号はカンボジア、インドネシア、ミヤンマー、フィリピン、ベトナムを供与の裨益国として建造されましたが、これらの国々や他のSEAFDEC加盟国のために沿岸資源の科学的調査を実施し、資源利用状況の評価を行うために使用されています。 同船はまた、漁業訓練プログラムのなかで乗船実習のためにも用いられています。このようにSEAFDEC2号は調査訓練能力を高めることによりアセアン地域で技術協力を強化し、水産や環境管理の効果を高めるために重要な役割を果たしています。

SEAFDEC号(1,178GT)もまた日本政府から供与された船で、1993年2月に訓練部局に引き渡されました。 プララン号は38GTの木造トロール船で、1982年に訓練部局に引き渡されました。

訓練部局には同じ敷地内に、訓練コース参加者他、部局で開催される会議への参加者のために最大52人を収容できる宿泊施設があり、食堂、娯楽室、フィットネス・ルーム、スポーツ施設も完備されています。

1995年に図書館が建設されました。2階建て、広さは240平方メートル、蔵書数7,500冊、コンピューター4機、複写機を備え、調度は来館者が快適に利用できるようデザイン、配置されています。

本館4階にシミュレーター室があり、ARPA（Automatic Radar Plotting Aids）を使用した訓練に利用されています。シミュレーターはまたソナーやエコー・サウンダーによる魚群規模の評価や移動を調査する訓練のためにも利用されています。

漁労実習場では、訓練部局で実施される訓練コース、特に大学生を対象としたコースの実技訓練が行われます。網やロープの結び方、延縄操業の準備、ウミガメ懇獲回避装置（TEDｓ）の製作などの技術指導が行われるほか、巻き網の模型を用いた講義もここで行われます。

機関実習場は漁船エンジン、冷凍冷蔵関係の訓練コースのための実習場です。訓練生はここで近代的なコンピューターで制御されるエンジンや冷凍冷蔵設備の他、エンジンの保守、修理も学ぶことができます。

機関関連の研修コースの訓練生はこの部屋で漁船エンジンや発電機、油圧装置、冷却システム、冷蔵システム、操舵システムの仕組みを実体験することができます。これらのシステムは指導員によりプログラム化され、制御されているのですが、そこにはトラブルも組み込まれ、訓練生がそれらの対処法を学べるようになっています。